XFlush() лишь заставит все запросы с нашей стороны реальной уйти на сервер, но не гарантирует, что хоть какая-то обработка этих запросов реально произошла. Можно было бы использовать в этом случае XSync(), это как раз его случай -- для синхронизации доступа к одной и той же картинке, разделяемой через MIT-SHM, но в общем случае XSync() скорее вреден, чем полезен.